Asiakkaat asettavat yhä korkeampia vaatimuksia toimittajilleen. Siksi Protanin on tehtävä jatkuvaa kehitystyötä varmistaakseen myönteisen yrityskehityksen. Merkittävä osa näistä panostuksista oli kansainvälisesti tunnustetun laadunvalvontajärjestelmän ISO 9001 toteutus vuonna 1992.
Protanin laatujärjestelmä kattaa kaikki yhtiön toiminnot: tuotekehityksen, markkinoinnin ja myynnin, oston, jakelun, asennuksen jne. Yhtiön johtaminen järjestelmän avulla tarkoittaa, että virheiden määrää ja järjestelmään sopimattomia toimintoja vähennetään jatkuvasti. Vastaavasti tämä tarkoittaa asiakastyytyväisyyden lisääntymistä ja kustannustehokkuutta.